Medrese Kütüphanesi, medrese ile ilişkili tarihi ve modern literatür ekseninde geliştirilen projelerin üst başlığıdır. Medrese Kütüphanesi, Fatih Sahn-ı Semân’ın içinde bir grup kitabı kullanıma sunmak değil, bir yandan medresenin kitap ve kütüphaneyle ilişkisini irdelemek, diğer yandan medrese hakkında modern dönemde üretilen yazılı ve görsel malzemeye dair bilgi ve belge yönetimi geliştirmek şeklinde ifade edilebilecek iki boyutlu bir hedefe sahiptir.

Medrese Kütüphanesi başlığı altında geliştirilen projelerin diğer medrese tarihi projelerinden farkı, inceleme konularını Fatih Sahn-ı Semân dahilindeki kütüphane bölümünde somutlaştırmasıdır. Her projenin sonunda teşkil edilecek koleksiyonlar, Fatih Sahn-ı Semân kütüphanesinin içinde, kendine tahsis edilmiş yerde hem sergilenecek, hem de aynı mekanda kullanıma sunulacaktır.

Medrese Kütüphanesi öncelikle aşağıdaki başlıklar üzerinde yoğunlaşacaktır:

• Medrese hakkında modern dönemde kaleme alınmış literatür
• Sahn-ı Semân müfredatını teşkil eden eserler
• Sahn-ı Semân mensuplarının kaleme aldığı eserler
• Sahn-ı Semân (Fatih) Kütüphanesi
• Sahn-ı Semân hakkında görsel materyaller
• İstanbul medreselerindeki kitap koleksiyonları

Yukarıda belirtilen hedeflere ilk adım olarak derlenen medrese bibliyografyası aşağıda sunulmuştur.