Hz. Peygamber (sav) müslümanlara dini öğretmeye, kendisine vahiyle gelen bilgileri aktarmaya ve sahabîlerini eğitmeye büyük önem vermişti. Efendimizin Medine’ye hicretin ardından burada gerçekleştirdiği ilk icraatlardan birisi bir mescit inşa etmek, bu mescitte bazı sahabîlerin hem kalabildiği hem de ders görebildiği bir mekan oluşturmak olmuştu. Burada kalan sahabîlere ashâb-ı suffe, Kurân ve Sünneti öğrenmede ileri seviyede olanlarına kurrâ deniliyordu. Mescid-i Nebevî’deki eğitim ve burada bulunan Suffe, İslam tarihindeki sonraki tüm eğitim çabalarına ilham vermiştir.

Medrese kurum olarak İslam toplumundaki genişleme, gelişim ve ihtiyaçlara bağlı olarak en az üç aşamadan geçerek klasik haline ulaşmıştır: Önceleri sadece mescitler ve camilerde eğitim veriliyordu. Sahabe döneminden itibaren çocuklara eğitim vermek üzere mescidin bir kenarında veya hemen bitişiğinde mekteb yahut küttab denilen mekanlar tahsis edilmişti. İslam ilimlerinin teşekkül dönemi olarak kabul edebileceğimiz ilk iki asır boyunca camiler temel eğitim kurumları olarak kaldı. Camilerin bu işlevi tarih boyunca da devam etmekle beraber, süreç içinde ilim ve öğretim faaliyetlerinin çoğu caminin yanındaki bağımsız veya yarı bağımsız mekanlara taşındı. Abbasîler’in siyasi güçlerinin zirvesinde olduğu 2-3./8-9. yüzyıllarda öğrenciye iaşe ve barınma imkanı sağlayan yerlere duyulan ihtiyacın yeni arayışlara yönlendirdiği görülmektedir. Bu aşamada görülen mescid-han kompleksinin çeşitli örneklerine 3./9. yüzyıldan itibaren rastlanmaktadır. Aynı dönemde camiler, mescid-han türü yapılar ve küttabın yanısıra, saray, bürokratik kurumlar, hocaların kendi evleri, hastaneler ve kütüphaneler gibi öğretim işlevini kısmen üstlenen başka kurumlar da vardı. Süreç içinde artık hocanın sadece kendisinin ve çevresindekilerin mali imkanlarıyla desteklediği, her ekole ve bölgeye göre farklılık gösteren, süreklilik arz etmeyen eğitim halkaları yeterli gelmemeye başladı. Vakıflarla desteklenen, neyin nasıl öğretileceği hususunda daha standartlaşmış, hocayı da öğrenciyi de uzun süreli olarak geçim derdinden kurtaracak kurumlara duyulan ihtiyaçla üçüncü aşamaya geçilmiş oldu. Klasik olarak nitelenebilecek medreseler böyle bir ihtiyaç üzerine gelişti ve Selçuklular’ın desteğiyle birçok medrese kuruldu.

Tarihte bilinen ilk medrese örnekleri Horasan bölgesinde (bugün İran, Türkmenistan ve Afganistan topraklarında kalan büyük bir coğrafi bölge) ortaya çıkmış olmakla birlikte medrese denilince akla ilk gelen kurum, Selçuklu veziri Nizâmülmülk tarafından en meşhuru 457-459 (1065-1067) yılları arasında Bağdat’ta inşa edilen Nizamiye medresesidir.

Nizâmülmülk’ün adına nisbetle Nizâmiye denilen bu medreseler dizisinin ilki daha önce Nişabur’da kurulmuştu (454/1063). Nizâmülmülk Selçuklu topraklarında bunların yanısıra Belh, Herat, Merv, Musul, Basra, Isfahan gibi belli başlı merkezlerde de benzer medreseler kurmuştur. Bu medreselerin işleyişi ve fonksiyonu itibariyle ortaya koyduğu model, sonraki medreselere büyük ölçüde örnek olmuştur.